Il est possible d'écrire un programme en C, en C++ ou en Fortran et de l'exécuter dans une session de MATLAB. Pour cela on crée un fichier MEX.
Un tel fichier respecte la syntaxe suivante :
#include "mex.h"
void mexFunction(
int nlhs, mxArray *plhs[],
int nrhs, const mxArray *prhs[] )
{
/* le code C ... */
avec nlhs le nombre d'argument on the left hand side et
plhs le tableau de pointeurs vers ces arguments de sortie.
nrhs et prhs sont pour les données (right hand side).