FIDAP propose deux interfaces : une interface graphique tout à la souris (ou presque), et une interface texte. Ces deux interfaces permettent d'accéder aux différents modules du logiciel, à savoir :
Ces modules communiquent entre eux à l'aide de fichiers et produisent aussi des fichiers sorties, soit de commentaires sur l'exécution, soit de résultats. Voici le système simplifié des fichiers tournant autour de FIDAP (la version complète se trouve dans le manuel FIDAP p. 2-17) :
Figure: Système simplifié de fichiers de FIDAP